<div>Dear Donna: I&#39;m interested in the surface commonly used for EEG problems. I have 237 T1 MRIs and I&#39;d like to have an automatic command line script to obtain those mean WM-pial surface (if this is the propper surface for my application) and I&#39;d like to have corresponding points between those surfaces.&nbsp;I don&#39;t need to find a transformation between surfaces having corresponding landmarks, I need to obtain the corresponding landmarks.&nbsp;Can you help me to understand what software should I download, what should I run and do?
</div>
<div>Any help will be very appreciated</div>
<div>Thank you in advance</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Pedro<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 6/20/07, <b class="gmail_sendername">Donna Dierker</b> &lt;<a href="mailto:donna@brainvis.wustl.edu">donna@brainvis.wustl.edu</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Pedro,<br><br>Yes -- Caret does surface-based registration, as described in the<br>registration tutorial:
<br><br><a href="http://brainmap.wustl.edu/caret/pdf/Caret_5.5_Tutorial_Segment.pdf">http://brainmap.wustl.edu/caret/pdf/Caret_5.5_Tutorial_Segment.pdf</a><br><br>If these two surfaces are from the same subject, then the core 6
<br>landmarks (the set typically recommended for inter-subject registration)<br>will not achieve optimal registration; in that case, additional<br>landmarks (e.g., STS, POS -- as many as you can reliably identify across<br>
timepoints) are recommended.<br><br>For each surface, you&#39;ll need to use Surface: Geometry: Generate<br>inflated and ellipsoid from fiducial, to generate inputs the above<br>tutorial expects.&nbsp;&nbsp;You might also consider trying John&#39;s new method for
<br>registration without flattening:<br><br><a href="http://brainmap.wustl.edu/pub/donna/PUBS/Reg_no_flat_and_new_border_drawing.pdf">http://brainmap.wustl.edu/pub/donna/PUBS/Reg_no_flat_and_new_border_drawing.pdf</a><br>
login pub<br>password download<br><br>I haven&#39;t tried it myself yet.&nbsp;&nbsp;I&#39;m not sure whether your Caret version<br>will include all the features you need to try this.<br><br>Finally, we tend to use the midthickness (fiducial) surface, rather than
<br>the WM/GM surface.&nbsp;&nbsp;We generate a midthickness surface by averaging<br>coordinates of Freesurfer-generated [lr]h.white and [lr]h.pial surfaces.<br><br>Donna<br><br>On 06/19/2007 04:48 PM, Pedro A. Valdes Hernandez wrote:
<br>&gt; Hi:<br>&gt; I&#39; completely new in this mailing list so maybe my question is a<br>&gt; little bit foolish<br>&gt;<br>&gt; I have two triangulated WM/GM surfaces, I&#39;d like to know if I can find<br>&gt; corresponding anatomical points between them using CARET/SureFit...
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Thank you in advance<br>&gt; Pedro<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; caret-users mailing list
<br>&gt; <a href="mailto:caret-users@brainvis.wustl.edu">caret-users@brainvis.wustl.edu</a><br>&gt; <a href="http://pulvinar.wustl.edu/mailman/listinfo/caret-users">http://pulvinar.wustl.edu/mailman/listinfo/caret-users</a>
<br>&gt;<br><br>_______________________________________________<br>caret-users mailing list<br><a href="mailto:caret-users@brainvis.wustl.edu">caret-users@brainvis.wustl.edu</a><br><a href="http://pulvinar.wustl.edu/mailman/listinfo/caret-users">
http://pulvinar.wustl.edu/mailman/listinfo/caret-users</a><br></blockquote></div><br>